Déterminer la fin d’une épidémie grâce au séquençage du génome

Cette recherche a démontré que l’analyse génomique peut être utilisée pour déterminer la fin d’une épidémie de tuberculose. C’est une précieuse information qui pourra aider les chercheurs en santé publique à comprendre la dynamique de l’épidémie et à guider la nature de leur réaction en temps réel. L’analyse génomique consiste à lire les instructions génétiques complètes des agents pathogènes causant la maladie, et à utiliser ces données pour identifier le premier infecté. En recherchant des mutations communes aux agents pathogènes prélevées sur des personnes différentes, les chercheurs peuvent voir quels sont ceux qui sont le plus étroitement liés, et ainsi suggérer une transmission potentielle.

« Déclarer la fin d’une épidémie de tuberculose n’est pas chose facile », indique Jennifer Gardy, professeur adjoint à l’école de population et de santé publique de UBC et chercheuse principale au Centre pour le contrôle et la prévention des maladies de la Colombie-Britannique. « Parce que la bactérie qui cause la tuberculose peut rester dormante pendant des mois, voire des années avant que la maladie ne se déclare, nous n’avions aucun moyen de savoir si un cas de tuberculose que nous venions de diagnostiquer était une infection récente - suggérant que l’épidémie était toujours en cours - ou si la personne avait été infectée il y a des années ».

« En utilisant une série de techniques issues des mathématiques et des statistiques, nous pouvons déterminer une date pour chaque infection », explique le professeur Gardy. Des chercheurs ont été en mesure de déclarer la fin d’une épidémie en janvier 2015 alors que les données indiquaient qu’aucune transmission n’avait eu lieu depuis la mi-2012. « Cette information est incroyablement utile pour les responsables de gestion de santé publique. Répondre à une épidémie requiert beaucoup d’efforts et de ressources, et nous avons besoin de savoir quand les arrêter ».

« La génomique a été utilisé pour surveiller l’apparition de maladies infectieuses auparavant, mais c’est la première fois qu’il a été possible de déclarer la fin d’une épidémie complexe de tuberculose », précise le professeur Gardy. « Cela ouvre vraiment de nouvelles portes dans la lutte contre la tuberculose ».

Pour en savoir plus :
Article original : Hatherell Hollie-Ann, Xavier Didelot, Sue L. Pollock, Patrick Tang, Anamaria Crisan, James C. Johnston, Caroline Colijn and Jennifer L. Gardy, Declaring a tuberculosis outbreak over with genomic epidemiology - Microbial Genomics .
DOI : http://dx.doi.org/10.1099/mgen.0.000060
http://mgen.microbiologyresearch.org/content/journal/mgen/10.1099/mgen.0.000060

Contact :Jennifer Gardy- School of population and Public Health, UBC, Vancouver, BC, Canada
jennifer.gardy chez bccdc.ca

Source :
Communiqué de presse du 14 Juin 2016 de l’Université de Colombie Britannique –
http://news.ubc.ca/2016/06/14/genome-sequencing-helps-determine-end-of-tuberculosis-outbreak/

Rédacteurs :
Anthony LAHAYE – Assistant de l’Attaché pour la Science et la Technologie à Vancouver ; Mathieu Leporini – Attaché pour la Science et la Technologie à Vancouver – mathieu.leporini[a]diplomatie.gouv.fr