Les accords de Dayton-Paris (décembre 1995), qui marquent la fin de la guerre, ont mis en place un Haut représentant de la communauté internationale chargé de coordonner l’action de celle-ci et doté par la suite de pouvoirs coercitifs, dits « pouvoirs de Bonn ». Depuis 2002, ce Haut représentant cumule cette fonction avec celle de Représentant spécial de l’Union européenne (RSUE) et assure donc la coordination de l’action de l’Union en Bosnie-Herzégovine. En juin 2007, Miroslav Lajčák a remplacé à ce poste Christian Schwarz-Schilling.
Sous la coordination du RSUE, l’Union européenne déploie la totalité des instruments de la PESC/PESD. La mission militaire de l’Union européenne, EUFOR Althea, a remplacé en 2004 la force de l’OTAN, la SFOR. La mission de police (EUPM) lancée en janvier 2003, fut la première mission de PESD menée par l’Union européenne dont le mandat a été renouvelé début 2008. Elle compte actuellement 170 policiers et 30 experts civils qui jouent un rôle d’assistance et de conseil auprès des autorités locales et s’investissent, en particulier dans le domaine de la lutte contre la criminalité organisée. Un Accord de stabilisation et d’association a été paraphé entre l’Union européenne et la Bosnie-Herzégovine le 4 décembre 2007. La signature de l’accord par toutes les parties dépend principalement de l’achèvement de la réforme de la police, ainsi que du respect de trois autres conditions (coopération avec le Tribunal pénal international pour l’ex-Yougoslavie (TPIY), réforme de la radio-télédiffusion publique et réforme de l’administration publique).