Les relations entre la Guinée-Bissao et l’Union européenne se fondent sur l’accord ACP-UE de Cotonou (signé en 2000, révisé en 2005 et en 2010) qui lui accorde le bénéfice du Fonds européen de développement (FED) et de préférences commerciales, appelées à évoluer avec l’entrée en vigueur d’un Accord de partenariat économique (APE) entre l’UE l’Afrique de l’ouest. L’Union européenne dispose d’une délégation à Bissao.

Au titre du 10ème FED, la Guinée Bissao dispose d’une enveloppe A de 100 M € répartis en un appui budgétaire direct (ABG de 32 M€), un programme de prévention des conflits dans les Etats fragiles (RSS, y compris réinsertion socio-économique des militaires en surnombre, appui aux élections, appui à l’ordonnateur national, ainsi qu’un soutien à un certain nombre d’actions transversales (accès à la justice, droits de l’Homme et de l’enfant, intégration ethnique et lutte contre toutes les discriminations, lutte contre la propagation du VIH pour 27 M €) et les secteurs de l’eau (3 M€) et l’énergie (23 M€) hydraulique et solaire, sous forme d’approche projet. L’enveloppe B du FED (dépenses non prévisibles) s’élève à 2,8M€.

L’UE verse également 9,2 M€ par an au titre de l’accord de pêche renégocié à Bruxelles, le 10 février 2012, pour une période de trois ans.

Comme conséquence du coup militaire du 1er avril 2010, l’Union européenne, qui avait déployé une mission européenne de sécurité et de défense (PSDC) d’appui à la réforme du secteur de la sécurité (RSS) depuis mai 2008, y a mis fin en septembre 2010, faute de véritable engagement des autorités bissao-guinéennes en faveur de la RSS. La mission a apporté des conseils dans les domaines militaire, de la police et de la justice. Elle a permis de poser le cadre législatif de la réforme du secteur de la sécurité bissao-guinéen. Parallèlement à ce retrait, des mesures conservatoires ont été prises, suspendant l’exécution de certaines interventions du FED (pour un total de 64 M€ sur un volume total de 174 M€).

En mars 2011, l’Union européenne a entrepris des consultations au titre de l’article 96 de l’accord de Cotonou. Des engagements mutuels (notifiés le 19 juillet 2011) ont été pris : à chaque progrès (1-signature du mémorandum d’accord entre la Guinée-Bissao, la CEDEAO et la CPLP, 2-activation des enquêtes sur les crimes de 2009, 3-départ des chefs militaires) accompli par la Guinée-Bissao, l’UE répondra par des « mesures appropriées » jusqu’à la reprise complète de sa coopération.

Le coup d’Etat du 12 avril 2012 a remis en cause la reprise progressive de cette coopération et conduit à un renouvellement pour un an des mesures appropriées au titre de l’article 96. Des mesures restrictives (sanctions individuelles comprenant des mesures de gel des avoirs et restrictions d’accès au territoire de l’UE) ont été adoptées à l’encontre de 21 personnes considérées par l’Union européenne comme menaçant la paix, la sécurité ou la stabilité de la Guinée-Bissao.

^{Mise à jour : 28.11.12}