L’édifice européen est organisé en piliers institutionnels depuis 1993 et l’entrée en vigueur du traité de Maastricht. L’unicité du cadre institutionnel recouvre en effet des règles de compétence différentes selon les thèmes considérés. Lors de la négociation du traité de Maastricht, il a été décidé de réunir, dans une architecture qui a pu être comparée à celle d’un temple grec, un cadre institutionnel unique (le fronton), recouvrant trois piliers.
Le premier pilier est celui des Communautés européennes, régi par les Titres II, III et IV du TUE, qui fonctionne selon des procédures communautaires d’intégration (quasi-monopole d’initiative de la Commission, compétence de la Cour de justice des Communautés européennes…). Il concerne notamment la politique agricole commune, la politique de la concurrence, la politique monétaire unique, la politique commerciale commune, etc.
Le troisième pilier est celui de la coopération policière et judiciaire en matière pénale (ancien pilier « justice et affaires intérieures »), régi par le Titre VI du TUE et fonctionnant selon des procédures de type intergouvernemental. Il a par exemple permis la création d’un mandat d’arrêt européen.
Le deuxième pilier concerne la PESC. Il est régi par le Titre V du TUE. À l’intérieur de chaque pilier, un équilibre propre est assuré entre souverainetés nationales et échelon supranational. Son insertion dans l’architecture institutionnelle globale de l’Union européenne place véritablement la PESC à la charnière entre le mode intergouvernemental et le mode communautaire. De ce fait, la PESC est complètement intégrée aux institutions de l’Union européenne (Commission, Conseil, Parlement européen, Cour de Justice, etc.) mais leur rôle est sensiblement différent comparé au domaine communautaire. De plus, un certain nombre d’organes spécifiques ont été mis en place pour le fonctionnement de la PESC. Enfin, des organes dédiés à la PESD ont également été créés.