Saisi par le Conseil des gouverneurs de l’Agence internationale de l’énergie atomique (AIEA) en février 2006, le Conseil de sécurité a adopté, le 31 juillet 2006, la résolution 1696 endossant la proposition faite par les « six » (France, Allemagne, Royaume Uni, États-Unis, Russie, Chine) à Téhéran de coopération pour le développement d’une industrie nucléaire civile moderne en contrepartie de mesures de l’Iran pour rétablir la confiance dans le caractère exclusivement pacifique de son programme nucléaire. La résolution 1696 demande par ailleurs une coopération complète avec l’AIEA, rend obligatoire la suspension des activités sensibles et prévoit qu’en cas de non respect par l’Iran de ses obligations, le CSNU travaillera à l’adoption de sanctions internationales croissantes.

En l’absence de réaction constructive de Téhéran, le Conseil de sécurité n’a pas eu d’autre choix que d’adopter les résolutions 1737 (décembre 2006), 1747 (mars 2007),1803 (mars 2008), 1835 (septembre 2008) et 1929 (juin 2010) placées sous chapitre VII de la Charte des Nations Unies.
Ces résolutions, votées par les cinq membres permanents, réaffirment l’obligation de l’Iran de suspendre ses activités sensibles et de coopérer avec l’AIEA, et ont progressivement mis en place des sanctions dans de nombreux domaines.
La résolution 1929, constatant que l’Iran n’avait pas respecté les obligations imposées par les précédentes résolutions du Conseil de sécurité, a adopté un dispositif large et robuste de nouvelles sanctions, en particulier : interdiction à l’Iran d’investir à l’étranger dans certaines activités nucléaires et balistiques, embargo sur les armes lourdes à destination de l’Iran, gel des avoirs de 40 nouvelles entités, dispositif d’inspection par les Etats sur leur territoire (ports, aéroports, eaux territoriales) de cargaisons suspectes en provenance ou à destination de l’Iran.

La mise en oeuvre du régime de sanctions à l’encontre de l’Iran est surveillée par le « Comité 1737 », mis en place par la résolution 1737. La résolution 1929 a prévu la mise en place d’un panel de 8 experts.

Le Comité 1540, un instrument nouveau pour le traitement de la non-prolifération des armes de destruction massive au Conseil de sécurité

Avec l’adoption de la résolution 1540 du 28 avril 2004, le Conseil de sécurité qualifie pour la première fois la prolifération des armes nucléaires, chimiques et biologiques et de leurs vecteurs de menace pour la paix et la sécurité internationales. La résolution 1540 encourage les États à adopter et appliquer des législations et des dispositifs nationaux de contrôle visant à prévenir la prolifération des armes de destruction massive. Cette résolution identifie également le risque d’un terrorisme émanant d’entités non étatiques dotés d’armes de destruction massive.

La mise en place du Comité 1540, chargé de suivre la mise en oeuvre de cette résolution, a permis le développement d’un certain nombre de volets complémentaires dans la lutte de la communauté internationale contre la prolifération nucléaire, biologique et chimique :
 un volet contraignant, imposant aux États de rendre compte au Comité 1540 de leur action ;
 un volet de sensibilisation : organisation de séminaires pour les États membres, certains d’entre eux étant communs aux comités agissant contre le terrorisme (Comités 1267 et 1373) ;
 un volet d’assistance aux États qui en font la demande pour les aider à mettre en oeuvre la résolution 1540.

Ce dispositif s’appuie sur les « bonnes pratiques » internationales en matière de non-prolifération, notamment les engagements du Groupe des fournisseurs nucléaires (NSG) pour la non-prolifération nucléaire. L’objectif du Comité 1540 est avant tout d’aider les États à se doter des moyens de lutter

contre la prolifération des armes de destruction massive, en contrant les réseaux proliférants qui mettent en danger leur sécurité, à l’instar de celui du Pakistanais Abdul Qader Khan, découvert en 2003.

En réaction aux tirs de missiles balistiques du 5 juillet 2006 et à l’annonce de l’essai nucléaire du 9 octobre 2006, le Conseil de sécurité a adopté respectivement les résolutions 1695 et 1718 condamnant ces actions et exigeant que la Corée du Nord démantèle ses programmes balistiques et d’armes de destruction massive. La résolution 1718 met par ailleurs en place un régime de sanctions (embargo sur les biens sensibles, les missiles et les technologies liées, embargo sur les produits de luxe, interdiction de voyager et gel d’avoirs des personnes impliquées dans les programmes).

À la suite d’un nouveau tir balistique nord-coréen, le 5 avril 2009, et d’un nouvel essai nucléaire annoncé le 25 mai 2009, le Conseil de sécurité a renforcé de façon significative les sanctions à l’encontre de la Corée du Nord avec l’adoption de la résolution 1874 (notamment embargo sur la quasi-totalité des armes, inspections des cargaisons des navires et aéronefs nord-coréens suspects ; renforcement des sanctions individuelles ; restrictions de services financiers aux personnes et institutions impliquées dans des programmes d’armes de destruction massives et balistiques ; restrictions du crédit export pour des activités qui pourraient alimenter les activités sensibles nord-coréennes ; renforcement du « Comité 1718 »).